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총신대 사태에 대해 청와대 신문고는 총장의 선임과 정관변경은 이사회의 고유권한이며 학교법인은 교단과는 독립적 법인으로 교육부에서 강제할 수 있는 법적 근거가 없다고 했다.

질의자는 총장이 교단과의 관계를 깨뜨리고 대학을 사유화하려고 하며 교육부가 총장을 사퇴할 수 있도록 해달라고 하고 학습권 보장을 위하여 관선이사를 파송해 달라고 했다. 그러나 청와대 신문고는 학교법인은 독립된 법인으로 해당이사회가 모든 것을 결정해야 한다고 했다. 

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